مشخصات مقاله:
عنوان فارسی مقاله:
متاپروتئومیکس: مطالعه بیان ژن عملکردی در اکوسیستم های میکروبی
عنوان انگلیسی مقاله:
Metaproteomics: studying functional gene expression in microbial ecosystems
مناسب برای رشته های دانشگاهی زیر:
زیست شناسی
مناسب برای گرایش های دانشگاهی زیر:
ژنتیک و میکروبیولوژی
وضعیت مقاله انگلیسی و ترجمه:
مقاله انگلیسی را میتوانید به صورت رایگان با فرمت PDF از باکس زیر دانلود نمایید. ترجمه این مقاله با فرمت WORD – DOC آماده خریداری و دانلود آنی میباشد.
فهرست مطالب:
متاپروتئومیکس: پیوندهای کاربردی از دست رفته؟
پروفایلینگ کاربردی محیط های پیچیده در انتهای مخالف دگم مرکزی کریک
انگشت نگاری ژنومی
انگشت نگاری پروتئومی
بیان پروتئین در جوامع میکروبی با تنوع محدود
چالش ها و مشکلات
چشم انداز آینده
قسمتی از مقاله انگلیسی و ترجمه آن:
Metaproteomics: the missing functional link?
During most of the geological past of the Earth, microorganisms have had primary roles in shaping the environmental conditions that exist today. They are the major drivers of the biogeochemistry, the nutrient cycles and the degradation of natural and anthropogenic waste products of the planet [1]. Many of these important reactions are catalysed by microbial enzymes that are made up of individual proteins and that can, on a grand scale, be regarded as the catalysts that ensure planetary homeostasis. Consequently, it makes sense to study the vast range of microbial proteins in the different ecosystems where they occur. This is reflected in the emerging field of metaproteomics – the proteomic analysis of mixed microbial communities. In microbiology, the application of postgenomic techniques has been limited mainly to laboratory studies of pure cultures. Consequently, these studies do not provide information about gene expression in the complex mixtures of microorganisms as found in the biosphere, where they form the backbone of a given ecosystem. The study of environmental microbial communities has been hampered by enrichment bias, in which standard culturing techniques select mostly for easily culturable organisms and result in a distorted understanding of microbial ecology. Cultivation-independent studies of microbial community composition that have been performed during the past 25 years have provided insight into the vastness of microbial diversity [2]. These investigations highlight the problem of how best to study the complex microbial biomass. Techniques must be developed that enable the study of microbial populations in situ, respecting both community structure and natural habitat. The emergence of metagenomics (the genomic analysis of uncultured microorganisms [2]) has led to the initiation of community sequencing projects during the past two years, which have resulted in the publication of extensive metagenomic sequences from different microbial populations [3–6]. These studies highlight the extent of microbial genetic and functional diversity.
متاپروتئومیکس: پیوندهای کاربردی از دست رفته؟
در طول دوره های گذشته زمین، میکروارگانیسم ها نقش اصلی در شکل دادن به شرایط محیطی امروزی داشته اند. آن ها محرک های مهم بیوژئوشیمیایی، چرخه های غذایی و از بین رفتن ضایعات طبیعی و انسانی این سیاره هستند (1). بسیاری از این واکنش های مهم به وسیله آنزیم های میکروبی کاتالیز می شوند که از پروتئین ها ساخته شده اند و می توانند در یک مقیاس بزرگ، به عنوان کاتالیزورهایی برای هموستازی سیاره در نظر گرفته شوند. در نتیجه باید طیف گسترده ای از پروتئین های میکروبی در اکوسیستم های مختلف مورد مطالعه قرار گیرد که در حوزه های جدید و نوظهور متاپروتئومیکس نمایان می شود، که تجزیه و تحلیل پروتئومیکی جوامع میکروبی درهم آمیخته است.
در میکروبیولوژی، استفاده از تکنیک های پس ژنومی، عمدتا به بررسی های آزمایشگاهی کشت های خالص محدود شده است. در نتیجه، این پژوهش ها، اطلاعاتی را در مورد بیان ژن در ترکیب های پیچیده ای از میکروارگانیسم های یافت شده در زیست کره که ستون یک اکوسیستم هستند، فراهم نمی کند. مطالعه جوامع میکروبی محیطی توسط بایاس غنا مختل شده است، که در آن، تکنیک های استاندارد کشت عمدتا برای موجودات قابل کشت، انتخاب شده و منجر به درک پیچیده ی اکولوژی میکروبی شده است. مطالعات مستقل از کشت در ترکیب جامعه میکروبی که در طول 25 سال گذشته انجام شده است منجر به درک وسعت تنوع میکروبی شده است (2). این تحقیقات مشکل بهتر شدن مطالعه در مورد بیومس میکروبی پیچیده را برجسته کرده اند. باید تکنیک هایی برای مطالعه جمعیت های میکروبی in situ در خصوص ساختار جامعه و زیستگاه طبیعی توسعه یابد. ظهور متاژنومیکس (تجزیه و تحلیل ژنومی میکروارگانیسم های کشت نشده (2)) منجر به شروع پروژه های توالی یابی جمعیت در طول دو دهه اخیر شده است. این پژوهش ها، ژنتیک میکروبی و تنوع کاربردی را برجسته کرده اند.