مشخصات مقاله:
عنوان فارسی مقاله:
تجزیه و تحلیل مولکولی شکار: یک مقاله مروری از بهترین فعالیت ها برای روش های مبتنی بر DNA
عنوان انگلیسی مقاله:
Molecular analysis of predation: a review of best practice for DNA-based approaches
کلمات کلیدی مقاله:
بهینه سازی روش، تجزیه و تحلیل مدفوع، تجزیه و تحلیل محتوای روده، تشخیص مولکولی، مالتی پلکسینگ، برهمکنش شکار-شکارگر
مناسب برای رشته های دانشگاهی زیر:
زیست شناسی
مناسب برای گرایش های دانشگاهی زیر:
ژنتیک، علوم سلولی و مولکولی و علوم گیاهی
وضعیت مقاله انگلیسی و ترجمه:
مقاله انگلیسی را میتوانید به صورت رایگان با فرمت PDF از باکس زیر دانلود نمایید. ترجمه این مقاله با فرمت WORD – DOC آماده خریداری و دانلود آنی میباشد.
فهرست مطالب:
چکیده
مقدمه
نمونه برداری
جمع آوری و تله گذاری شکارگرها
جمع آوری نمونه های مدفوع
حفظ و ذخیره سازی نمونه
آماده سازی نمونه
تشریح یا عدم تشریح
پردازش مدفوع
استخراج DNA
ژن های هدف
DNA هسته ای در مقابل DNA میتوکندریایی
انتخاب ژن میتوکندریایی
چند نمونه باید قبل از طراحی پرایمر توالی یابی شود؟
کپی های هسته ای
طراحی پرایمرها
بهینه سازی روش و ارزیابی
بهینه سازی برای به حداقل رساندن تکثیر تقاطعی غیر هدف
آزمون های حساسیت
آزمون تکثیر تقاطعی روی موجودات غیرهدف
غربالگری شکارها
اهمیت کنترل ها
آلودگی
غلبه بر مهار PCR
PCR مولتی پلکس و Singleplex
تجسم محصولات PCR
سیستم های ژل و آغازگرهای فلورسنت
DGGE و TGGE
سیستم های کمی
آزمایش های تغذیه ای تنظیمی برای تعیین بقای DNA در طول هضم
تجزیه و تحلیل داده ها
پوسیده خواری (Scavenging) و شکارگری ثانویه
دستورالعمل های آینده
قسمتی از مقاله انگلیسی و ترجمه آن:
Introduction
Polymerase chain reaction (PCR)-based techniques for detecting prey remains in the guts, faeces and regurgitates of predators are being developed to study complex trophic interactions in the field (reviewed in Symondson 2002; Sheppard & Harwood 2005; Sunderland et al. 2005; Gariépy et al. 2007). Research in this area has, however, been hampered by a lack of clear guidance through the many techniques and approaches available. Detecting degraded, semidigested DNA is not always easy. Major areas of difficulty seem to be lack of sensitivity, short post-ingestion detection periods and cross-amplification problems. However, attention to some simple guidance, for example on primer design and assay optimization, can in many instances prevent these problems arising in the first place.
مقدمه
تکنیک های مبتنی بر واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) برای تشخیص طعمه در روده، مدفوع و مواد برگشت داده ی شکارگرها، برای مطالعه ی برهمکنش های غذایی پیچیده در مزرعه، توسعه یافته اند (Symondson 2002; Sheppard & Harwood 2005; Sunderland et al. 2005; Gariepy et al. 2007). با این حال، تحقیقات در این زمینه، به دلیل کمبود اطلاعات واضح در مورد بسیاری از تکنیک ها و روش های موجود مختل شده است. تشخیص DNA نیمه هضم شده همیشه آسان نیست. عمده ترین مشکلات، عدم حساسیت، دوره های تشخیص پس از هضم و مشکل تکثیر متقاطع است. با این حال، توجه به برخی از اطلاعات ساده، به عنوان مثال در طراحی پرایمر و بهینه سازی روش، می تواند در بسیاری از موارد از وجود این مشکلات جلوگیری کند. در مراحل اولیه ی استفاده از یک تکنولوژی جدید، دیدن افرادی که با طیفی از روش های مختلف کار کرده اند، خوب است.